巨人がすべてを支配する世界。巨人の餌と化した人類は、巨大な壁を築き、壁外への自由と引き換えに侵略を防いでいた。だが、名ばかりの平和は壁を越える大巨人の出現により崩れ、絶望の闘いが始まってしまう。

エレンの生家に眠る「巨人の謎」を求め、壁外調査に乗り出した調査兵団。そこにはアルミンやミカサらの姿も。順調かと思われた道中、突如としてアルミンの前に「女型の巨人」が現れて陣形を破壊し‥‥。