狙撃されたワイズを救う「薬」を携え、ベリアル・ゴアに急行したレベッカとハッピー。だが、風のシルフに行く手を遮られ、二人は囚われの身に。さらには、駆けつけたシキとホムラの前にも、シルフとその兄ジンが立ち塞がるのだった……。風雲急を告げる“闇の錬金術師”との対決。逆境にあって、いよいよシキたちは闘志を漲らせるのだが……。彼等はまだ知らない、敵が想像も及ばぬ暗き“闇”であることを。